no se fai un header ecc. la pagina si interrompe.
Se questo if non ha bisogno di ulteriori input puoi fare il redirect dopo che anche questo è stato eseguito, e passare a content anche i suoi output, altrimenti hai due strade:
metti l'if in un'altra pagina (che so, contentLoop2.php) oppure passi a contentLoop gli input dell'if con un'altro redirect e rifai i controlli che hai fatto su content, ovvero metti if(!isset(input dell'if)) fai il primo ciclo else fai l'if e poi rifai un ulteriore redirect a content con i valori ricavati dall'if.
In questo caso devi aggiungere a content ulteriori controlli !isset e isset per eseguire la terza parte di codice (quella che a questo punto utilizza gli output dell'if di contentLoop).

Oppure (sempre se l'if ha bisogno di ulteriori input) quando passi quelli del primo ciclo passi anche tutti i dati necessari all'if e (se necessario) metti il pezzo di codice che li genera (interpolandoli con i dati usciti dal primo ciclo?) tra questo e l'if.

Questa soluzione però la scarterei, contentLoop mi sembra già abbastanza pesantina di suo...

Un po' di pseudocodice sarebbe utile per capire meglio che approcio utilizzare.

Se può esserti utile potresti utilizzare delle classi e crearti delle funzioni, che ti richiami da content, però dipende tantissimo da cosa devi fare, soprattutto se la tua applicazione è procedurale o per oggetti.