Il MANIFEST non c'entra nulla.
Per usare una immagine contenuta all'interno di un Jar, semplicemente devi provvedere a recuperare l'immagine come risorsa. Questo è un metodo che io uso spesso (in una classe Pippo):

codice:
private ImageIcon loadImage(String resource) {
    return new ImageIcon(Pippo.class.getResource(resource));
}
Se, ad esempio, hai una classe Pippo, contenuta all'interno di un determinato package e vuoi recuperare un'immagine che si trova nel sottopackage "resources" del package della classe, userai qualcosa del genere:

codice:
ImageIcon img = loadImage("resources/immagine.png");
Ciao.