Tutto giusto ma il <nav> dentro il tag <header> e' inutile, fai cosi piuttosto:

<header>
<hgroup> //facoltativo
<h1>Titolo principale</h1>
<h2>Sottotitolo</h2>
</hgroup>
</header>

<nav>
<ul id="menu">[*][/list]
<nav>

Mentre invece il secondo spezzone di codice va bene

<aside>
<nav>
<ul>[*]sezione 1[*]sezione 2[*]sezione 3[/list]
</nav>
</aside>

<footer></footer>

Ciao!