Si puo' fare senza problemi, io lo faccio regolarmente.

Un consiglio: con uno script monta il disco extra subito prima del rsync e appena terminata la sincronizzazione dei dati smontalo, cosi' il terzo disco rimane protetto da qualsiasi evento pericoloso possa succedere (mancanze di alimentazione improvvise, errori umani, ecc.)