Vada per le due tabelle, ma perchè fai una query ed estrai tutti i dati? Essendo il nome e l'email dati univoci insieme, puoi fare una query mirata estraendo i dati dell'utente nome x e mail x@mail.com .

Codice PHP:
$query=mysql_query("SELECT * FROM utenti WHERE nome='$_POST[nome]' AND email='$_POST[email]' "); 
Poi conti quanti record sono stati estratti con mysql_num_rows() e se il numero è 1 vuol dire che un utente con quei dati c'è e quindi è registrato, altrimenti se il numero fosse 0 o hai sbagliato a fare la query oppure l'utente non è registrato e pubblichi il commento come visitatore, il suo nome e l'email te la tieni nel database, nel caso ci fossero problemi.
Per quanto riguarda i commenti ti consiglio di mettere nel database insieme ai commenti il nome, l'email e un eventuale link per chi è iscritto, così non devi stare ad estrarre i dati ogni volta dalla tabella utenti e, soprattutto, chi non è registrato può postare tranquillamente senza avree la necessità della registrazione stessa. Forse per chi è registrato puoi mettere un campo con l'id dell'utente, magari in un campo apposito, così se in un futuro l'utente cambiasse nome o email, rimarrebbe aggiornato anche il commento, ma i campi per chi non è registrato sono fondamentali.