poi ho anche una tabella per categoria
Devi fare una tabella categorie e avere tutti i dati delle categorie in una sola tabella
a questo t'ho giò risposto.. fai un errore di progettazione.
nel caso che ti propongo io, le tue categorie possono anche essere modificate, mentre nel tuo caso non si può toccare nulla.

forse per anno basta, ma dipende da quanti documenti ci stanno.
se il gestionale è fatto bene, non devi per forza andare in FTP per trovare i documenti.
per assurdo (RIPETO PER ASSURDO..), se fatto bene potresti anche mettere TUTTI i documenti in una sola cartella. Ti basterebbe controllare che quando fai l'upload non sovrascrivi le immagini, o ad esempio le rinomini, sempre con un criterio..
ovviamente avere TANTI (per tanti intendo decine di migliaia.. ) documenti in una sola cartella, rallenta il filesystem..

tutto dipende dal tipo di gestionale che hai fatto, come è strutturato e come agganci i documenti al DB..
devi trovare un criterio, però la suddivisione credo sia meglio farla.