http://support.microsoft.com/kb/314463/it

Non è possibile formattare un volume superiore a 32 GB utilizzando il file system FAT32 durante il processo di installazione di Windows XP. Windows XP consente di installare e supporta volumi FAT32 superiori a 32 GB, fatti salvi gli altri limiti, ma non è possibile creare un volume FAT32 superiore a 32 GB con lo strumento di formattazione durante l'installazione. Se è necessario formattare un volume superiore a 32 GB, è necessario utilizzare il file system NTFS. Un'alternativa consiste nell'avviare il sistema da un disco di avvio di Microsoft Windows 98 o Microsoft Windows Millennium Edition (ME) e utilizzare lo strumento Format incluso nel disco.
Nel link citato trovi anche altre informazioni al riguardo.