Terminare un thread così non è un modo sicuro.
Se è in wait, o gli mandi un notify() per farlo riprendere e quindi uscire (gestendo questo) oppure devi cambiare il codice non usando wait ma un ciclo che termina quando, per esempio, una variabile booleana uscita è true. Crei un metodo per cambiare questa variabile, e quando lo richiami il thread terminerà.