codice:
	for(Integer k : setPrimi){
	    for(int m = 2*k ; m <= n ; m += k)  
	         setPrimi.remove(new Integer(m));
	}
In questo codice elimini un elemento del Set mentre stai scorrendo il set. Questo non puoi farlo.
Per risolvere puoi fare una copia del Set ed usarne una per scorrere gli elementi e su una fai il remove.