potresti fare un campo di nome per esempio "login" che assuma valore 0 per i dipendenti non entrati e 1 per quelli entrati....
dopo di che fai il controllo
una cosa del genere
Codice PHP:
$querymysql_query("SELECT Matr FROM dipendenti Where login=0");
while(
$contenitore=mysql_fetch_array($query)){
$matricola$contenitore['Matr'];

}
$elencoimplode(" - "$matricola);
echo 
"Mancano: " $matricola
ora nel tuo codice dovresti porre la condizione che i dipendenti entrati assumano 1 mentre quando escono il valore ritorna a 0 magari con un UPDATE...