Dal log di Malwarebytes sembrerebbe tutto pulito.
A volte nonostante la rimozione di windows xp recovery, gli attributi di "nascosto" non vengono eliminati automaticamente (li applica a varie cartelle, tra cui programmi, ecc).
Il suo tentativo dopotutto é di simulare vari errori, tra cui in primis un cedimento dell'hard disk.. Ok detto questo, prova a lanciare unhider, scaricabile http://trojan-killer.net/download/unhider.exe?lang=it, dopodiché riavvia il sistema. Il problema si ripresenta?

Se hai ancora problemi: installa HijackThis- fai un system scan con salvataggio log e postalo qui. Questo darà una miglior idea dello stato del tuo computer, potrebbe essere necessario dare una passata di Combofix.