Secondo me l'eeebox non ha alcun vantaggio. Solo se te lo mette ad un prezzo veramente stracciato, e cmq vai a perdere in prestazioni.
I synology hanno un sistema operativo interno già sviluppato per backup, accessi in remoto, controllo degli accessi e gestione utenti, possibilità di impostare i dischi in raid se voluto e tutto gira sulla rete LAN con prestazioni migliori dell'usb.
Io valuterei bene, se come cifra stai li non ci penserei un attimo.