vuole dire che non è configurato bene visto che togliendo l'IDE non funziona.
Quando si fanno delle cose simili devi fare in modo che l'applicazione funzioni ovunque, significa adesso googlare un po' per impostare il progetto indipendentemente da netbeans (sicuramente ci sono dei jar che devi includere nel classpath che l'avere netbeans e apache derby configurati ti trovi di defaul).
Ti suggerisco 2 vie: jar autocontenitivo contro requisiti minimi sul sistema. valutale bene entrambe, la prima sembra adatta al tuo problema