Un array è un array, e se hai come struttura: nome,cognome,città la tua struttura deve rimanere quella nei dati, poiché se volessi estrarre il cognome dell'utente, dovrai scrivere:
$cognome=$array[1];
L'unica tua soluzione è quella degli array associativi:
Codice PHP:
$array=array();
$array['nome']='pippo';
$array['cognome']='rossi';
$array['citta']='Milano'; 
Così se non dovessi inserire il cognome o il nome, basta richiamare la chiave citta del tuo array e ti viene ritornata la città.
Altrimenti con il singolo array, nel caso non ci fosse un dato, metti due virgole e la numerazione rimane intatta:
Codice PHP:
pippo,,Milano 
In questo caso, richiamando $array[2], avresti la tua città, anche se il cognome è assente.
Scegli la soluzione che fa al caso tuo.