Il metodo Encrypt abilita la cifratura del file a livello di filesystem, che è disponibile solo su NTFS. Probabilmente stai scrivendo il file su un volume formattato in FAT.
Nota tra l'altro che se abiliti la cifratura NTFS il file sarà comunque visibile normalmente dall'utente, dato che la cifratura a livello di filesystem fa semplicemente sì che altri utenti non riescano a leggere il file anche se vengono cambiati forzatamente i permessi sul file. Se vuoi una cifratura "tradizionale" devi usare le classi del namespace System.Security.Cryptography.