l'elemento-chiave è la modificabilità di quelli "web".

Se sono solo da consultare ti suggerisco di avere due db materialmente distinti,
con quello web che aggiorni ogni TOT.

questo aumenta enormemente la sicurezza, in quanto le alterazioni al db "web" (effettuate in ipotesi da utenti malevoli) non si ripercuotono su quello "vero" e vengono sovrascritte ogni TOT.
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Se, al contrario, i dati devono poter essere modificati allora, in generale, è conveniente avere un singolo db.