Beh ora mi preoccupo: ma questa funzione_lunghissima quanto dura? E se tutto è inutile finchè le sue operazioni non si sono concluse, vabbè avvia il setInterval da dentro la funzione lunghissima stessa.

var foo;
function funzionelunghissima(){
//bla bla bla per tante volte
if(bla bla bla){foo=setInterval(bla bla bla)}
}

ps non ti fidare ciecamente di nessuno - siamo tutti soggetti a errori e, ancor più frequentemente, a fraintesi, magari dovuti a informazioni incomplete 8cosa frequentissima sui forum)
facci sapere se hai trovato la soluzione che cerchi - o altrimenti spiegaci meglio cosa fa sta funzione lunghissima ciao