A regola in un linguaggio di scripting che è procedurale, non parte nulla finchè la funzione lunghissima, se è stata invocata per prima dentro l'evento, non ha finito.

Comunque puoi fare dei test tu stesso usando proprio questa funzione lunghissima dentro degli onmousedown e onmouseup.

Come ti dicevo non mi è ben chiaro cosa è che succede nel tuo script - la mia impressione è che il problema sia da qualche altra parte ma non conoscendo i codici non saprei.
ciau