questo tipo di comportamento strano, l'ho avuto rare volte.
Succedeva che avevo ad esempio un panel od un controllo nascosto non con lo style, ma con la proprietà lato server "visible=false".

non è che hai qualcosa del genere?
Non saprei più cosa controllare

Se proprio non riesci a risolvere, invece di fare display none/block, fai un top -1000/x,
dove x è la posizione che ti interessa.
In questo modo il div non è mai nascosto, ma semplicemente posizionato a -1000
Lo so che fa cagare, ma non mi viene in mente altro

ciao