In Windows Forms il disegno nell'area del controllo avviene mediante l'evento Paint, che viene automaticamente invocato dal sistema operativo tutte le volte lo ritenga necessario (per esempio quando sposti la finestra o fai operazioni di drag sopra essa). Il sistema che hai usato tu (time_base.CreateGraphics.DrawLine) è invece esterno all'evento Paint e di conseguenza funziona solo all'atto della creazione del controllo.

Io procederei in maniera un po' diversa rispetto a quello che hai fatto tu, anche se all'inizio ti potrebbe sembrare un sistema un po' ostico. Si tratta di creare un UserControl all'interno del tuo progetto oppure un progetto separato di tipo Windows Forms Control Library.
Un esempio di disegno tramite l'evento Paint:
codice:
    Private Sub UserControl1_Paint(sender As Object, e As System.Windows.Forms.PaintEventArgs) Handles Me.Paint
        e.Graphics.DrawLine(Pens.Black, 0, 0, Me.Width, Me.Height)
    End Sub
Per una migliore resa grafica in questi casi è consigliabile impostare la proprietà dello UserControl DoubleBuffered=True.