Potresti provare cosi ovviamente devi sapere a priori quante colonne hai:

codice:
numcol = 3;
miaTD = document.getElementsByTagName("TD");
	for(i=0; i<miaTD.length; i++){
            miaTD.item(i).className = "classMod"+i%numcol;
	}
e le classi css devi chiamarle cosi:

.classMod0{background-color:#33CCFF}
.classMod1{background-color:#336699}
.classMod2{background-color:#FF9900}