Devi necessariamente includerle in un namespace/in una struct/in una class. Gli enum mettono i nomi in essi definiti nel namespace in cui sono dichiarati, per cui inevitabilmente se hai due enum nello stesso namespace questi non possono avere costanti con lo stesso nome.
Se anche le classi sono autogenerate, cambia il generatore del loro codice per usare i valori degli enum qualificati con il nome del namespace in cui saranno contenuti.

Per inciso, nel nuovo standard C++ esistono i cosiddetti "enum class", che invece, tra le altre cose, "si tengono dentro" i nomi delle costanti.