Ma devi necessariamente usare una struttura di appoggio (array2), o è una cosa che hai fatto tu? Perché il problema è risolvibilissimo semplicemente salvandoti in una variabile temporanea il valore da eliminare, shiftare il resto degli elementi, e posizionare il suddetto valore alla fine dell'array.

EDIT

Pure perché, non ho ben capito cosa fai lì... Prendi in input la posizione dell'array1 che vuoi eliminare, poi, copi tutti gli elementi restanti in array2, nello stesso ordine, presumo, escludendo la suddetta posizione, ma poi, non metti la posizione alla fine dell'array2, per cui, credo che resta quindi non iniziallizzata.