A questo recuperi i totali delle fatture ordinate dalla più vecchia alla più nuova, parti dal primo totale che sottrai al totale pagato e spunti la fattura come pagata.
Passi alla fattura successiva, fai la stessa cosa fino a quando le sottrazioni non portano a zero il totale pagato (o meno di zero).
Se la differenza del totale fattura che stai verificando e il rimanente del totale pagato non copre totalmente il totale della fattura stessa, ti salvi la differenza in un campo dello stesso record che chiamerai es. residuo, campo che controlli al primo giro di sottrazioni.

E' un po' macchinoso, lo so, per niente facile da scrivere, ma se vogliono così...