Non sono un esperto di shadobox, ma credo che il problema stia nel richiamo che utilizza tramite href <a href="percorso/immagine.gif" /> non utilizzando onclick="funzioneShadobox()" ritengo sia impossibile uscire dalla pagina che lo contiene (quella richiamata dal iframe) forse si riesce "smontando" lo script e intercettando l'apertura del div operazione complessa, vedi se puoi caricare la pagina con ajax o includendola, cioè eliminando il frame.