Allora il problema è nella fase di creazione del pdf, potrebbe anche essere un limite di Illustrator, non nasce per fare queste cose e ha vari limiti nel publishing.
So come esserti d'aiuto in InDesign, dove, nella finestra d'esportazione in pdf c'è una voce apposita per i collegamenti ipertestuali, ma non so esattamente darti una spiegazione sul perchè Illustrator ti faccia quello scherzo, se non un limite voluto del programma.
Altrimenti, se hai Acrobat Professional, è molto semplice aggiungere link a file pdf esistenti (Strumenti->Modifiche Avanzate->Link)