Gli ID devono essere univoci, prova cosi.
codice:
<script>
function visualizza()
{
var prova = "";
var box = document.getElementsByTagName('input');
var risposta = document.getElementById('risposta');
for(i = 0; i < box.length; i++)
{
if(box[i].type=='checkbox' && box[i].checked){
prova += box[i].value;
}
}
risposta.innerHTML = "Selezionati: "+ prova;

}
</script>