Ciao,
da Risorse del Computer, selezionato il disco, Proprietà -> Strumenti -> Esegui Scandisk e flaggando "Correggi automaticamente gli errori del filesystem" e "Cerca i settori danneggiati e tenta il ripristino" ti dice che è impossibile effettuare l'operazione e se vuoi pianificarla al riavvio del PC, il riavvio non è automatico devi riavviarlo tu.
Come hai già detto non è possibile farla dal Prompt dei Comandi.
L'unica è con il DVD di Vista, quello che avviene all'inizio è il caricamento in memoria dei file pre instalazione, dopo quando arrivi alla schermata dell'installazione configurazione disco e partizioni, da li scegli la modalità ripristino e il Prompt dei Comandi di MS-DOS.
Dopo digita i comandi per il CHKDSK /f o -r -p
per la lista dei comandi digita help chkdsk
M.