Ciao e benvenuto.
non vedendo codie è un po' difficile darti una mano. Mi pare di capire che il tuo problema comunque non sia di acquisizione (ovvero non devi registrare da una sorgente esterna)

Mi viene in mente che potresti aggiungere, se non c'è, un campo "durata" alla classe che modellizza la nota (immagino tu abbia un paio di eventi attaccati a ciascun tasto della tastiera, per registrarne la pressione e rilascio, sfrutta quelli con System.currentTimeMillis).

Quando vai a salvare, salvi anche la durata dentro l'oggetto Nota (avrai un Vector o altra collection di oggetti Nota). Per il salvataggio, potresti serializzare il tutto (guardati la serializzazione in java - interfaccia Serializable- , argomento ampiamente trattato anche in diversi thread qui sul forum)