Teoricamente prendendo l'htlm con jquery $('#idContenitore').html(); dovresti avere tutto l'html cosi' come lo vedi.

Salvi da php e metti in excel, io non l'ho mai fatto ma presumo in qualche modo a db prendi i dati della tabella.

Se cambi solo l'ordine e non modifichi i dati, a occhio e croce questi record hanno un id.

Metti l'id nei tr magari, quando salvi, con javascript prendi l'ordine di questi id e nella query usi questo array pre prendere i dati in quella sequenza.

Sempre teoricamente una volta preso l'array tipo (1,3,4,5) prelevi i dati da db tipo:

select * from tabella where id IN('1','3','4','5').... in questo modo dovresti estrarre con lo stesso ordine.