il solo fatto che tu ti stia trovando %xy significa che stai usando urlencode o rawurlencode da qualche parte ... probabilmente quando invii i dati al browser prima di stamparli li passi a urlencode/rawurlencode

controlla ... ed in caso correggi usando htmlentities($variabile, ENT_QUOTES; 'UTF-8')

rawurlencode/urlencode si usano esclusivamente per "encodare" i parametri per la query string e non per i dati da far vedere nelle pagine html