avrai anche dei package (netbeans in genere lo fa).
Spiegare tutto per fartelo eseguire la vedo lunga (in un post quanto meno).
Una ricerca con google trovi una marea di risorse (guide per iniziare anche se le amo poco), sarebbe meglio procurarti un libro e seguirlo passo passo.
In genere i testi ti fanno lavorare da command line e soprattutto ti spiegano via via i concetti basilari per poter lavorare e bene con java