per scrivere un programma java il minimo indispensabile è

1. blocco note, notepad++, SciTe
2. jkd
3. saper usare la command line.

Il resto viene con un minimo di esperienza in tutto, eclispe, netbeans ti aiutano, ma sono utili se sai dove devi mettere le mani.
In questo caso ti devo ridurre in un post informazioni che si trovano benissimo usando google o leggendo per benino i testi (ripeto, in tutti la parte introduttiva su come fare il minimo c'è).
Ritornando alla tua domanda iniziale, devi saper scrivere un bat oppure uno script sh (spesso usati per lanciare il programma), che esulano dalle competenze java.