Ciao e benvenuto, l'errore è che tu vorresti chiudere una funzione "min" il che non è possibile.
Prova cosi, ma non sono sicuro che funzioni:
codice:
<script type="text/javascript">
var PopUp;//variabile globale
function min()
{
titolo=prompt("min","inserire nome");
PopUp = window.open('link1','aa', 'width=1100,height=700,left=300,top=200,toolbar=yes,location=yes,status=yes,menubar=yes,scrollbars=yes,resizable=no');
PopUp = window.open('link2','bb', 'width=1100,height=700,left=300,top=200,toolbar=yes,location=yes,status=yes,menubar=yes,scrollbars=yes,resizable=no');

}
</script>

<script type="text/javascript">
function chiudi()
{
PopUp.close();
}
</script>