sto inziando a pensare che non sia del tutto fattibile in VB6
Non è vero ... si può fare, anche se è un compito "pesante" scansionare tutto un disco.

1) Le cartelle "protette" (o di sistema, o in cui non hai l'autorizzazione anche se administrator) le devi evitare; quando avrai un errore per quelle cartelle, ignoralo e continua

2) di quale routine parli?

3) quella cartella esiste (devi impostare la visualizzazione delle cartelle di sistema) ma è tra quelle che non puoi visitare senza permessi particolari