L'upload non avviene tramite ajax, ma tramite il normale post di un form e php. Ajax interroga semplicemente il server per sapere a che punto è con l'upload (immagino tu ti riferisca all'uso della progress bar). Se vuoi fare un vero upload con ajax non sarà supportato da IE < 10.
Se vuoi evitare il refresh della pagina dopo l'upload devi usare un iframe nascosto.

http://www.ajaxf1.com/tutorial/ajax-...-tutorial.html
http://www.slacko.org/2008/07/08/file-upload-in-ajax/ (traduzione in italiano)
http://blog.mrwebmaster.it/2010/06/1...ronti-uso.html