usa domdocument, simplexml non mi risulta che possa inserire campi di tipo CDATA

l'alternativa, se vuoi ignorare domdocument e continuare ad utilizzare il tuo metodo, che ti costringe all'eliminazione dei tag, crea una funzione che sostituisca le varie entità con i rispettivi caratteri, oppure elimina semplicemente le e commerciali dalla stringa.