$value, come immagino avrai capito da solo, può contenere anche array. Tu dai per scontato che ogni $notmissing[] possa contenere solo stringhe, per cui la soluzione è controllare se sono realmente stringhe.
Codice PHP:
foreach ($_POST as $j =>$value)
{
if (is_string($value)) {
$notmissing[$j] = htmlentities(stripslashes($value));
}
}