è molto semplice agire su apache: basta configurarlo... tutti gli apache nelle distro linux hanno una cartella conf.d (di solito si chiama così) dove tu puoi mettere i tuoi file con le configurazioni aggiuntive di apache. Per gestire il terzo dominio 2 cose devi gestire:

1) i dns, altrimenti nessuno arriverà mai al tuo dominio di terzo livello

2) configurare un virtual host apposito in apache... per farlo, basta che metti un file con la configurazione del tuo virtual host nella conf.d di apache e riavvii il servizio

ora,

- con un server windwos non ho idea di come si faccia, soprattutto se usa iis piuttosto che apache

- se stai in hosting, te lo scordi a meno che non compri qualche pacchetto apposito se disponibile

- se lavori con un tuo server (fisco o virtuale che sia) lo script è semplice: basta creare il file di testo nella giusta posizione, riempirlo con la configurazione (leggi la documentazione di apache o cerchi su google, è pieno di esempi) e riavvii apache

Vedi un pò te