Ho risolto in questo modo:
mettendo le echo funziona....mah...... per caso sapete la spiegazione di questo problema? mi sembrano analoghi i due codiciCodice PHP:
<script language="javascript" >
var idArray = new Array();
var usernameArray = new Array();
<?php for($i=0; $i<count($idArray); $i++){ ?>
idArray[<?php echo $i ?>] = "<?php echo$idArray[$i] ?>";
usernameArray[<?php echo $i ?>] = "<?php echo $usernameArray[$i] ?>";
<?php } ?>
</script>