Ho risolto in questo modo:

Codice PHP:
  <script language="javascript" >
      var idArray = new Array();
      var usernameArray = new Array();
      
  <?php    for($i=0$i<count($idArray); $i++){ ?>
              idArray[<?php echo $i ?>] = "<?php echo$idArray[$i?>"; 
              usernameArray[<?php echo $i ?>] = "<?php echo $usernameArray[$i?>"; 
  <?php    }    ?>
  
  </script>
mettendo le echo funziona....mah...... per caso sapete la spiegazione di questo problema? mi sembrano analoghi i due codici