direi di si, non ricordo il comportamento di default di netbeans, ma ti crea un jar che puoi eseguire anche fuori da netbeans (infatti il build&clean si conclude dicendo puoi eseguire il programma scrivendo

java -jar nomeprogramma.jar

dalla dist, quindi senza bisogno di altro.

Capisco le difficoltà nel passaggio da c# a java, ma credo proprio che per evitare di portarti via tutto devi intervenire con qualche opzione sul progetto (che non ricordo) oppure sul build.xml (in genere io preferisco la seconda perché uso l'IDE solo per debuggare/sviluppare in maniera rapida, le compilazioni le faccio a mano da riga di comando o con ant/maven )