Ho risolto

anche se ammetto, con un po' di vergogna, che non ho messo mano al file build.xml, credo che la IDE di NetBeans lo abbia fatto per me.

Andando a cercare sul file build.xml la sezione dove poter escludere i file jar delle librerie ho letto che era generato automaticamente dalle proprietà di NetBeans, andando a vedere le proprietà del progetto alla sezione Build > Packaging c'è un campo "Exclude from JAR file" che conteneva la stringa **/*.java

Ho aggiunto **/*.jar ed ora il jar dell'applicazione non contiene più i jar delle librerie, pur rimanendo esse referenziate all'interno del progetto e facendomelo compilare, ed utilizza in runtime le librerie presenti nella cartella /lib

Ho pensato che potesse essere utile a qualcuno

Grazie mille per tutti i suggerimenti