Hai ragione! grazie! :-), nel mentre ho risolto facendo così, dimmi se va bene uguale:

la query l'ho appena modificata aggiungendo anche un "AS totale", quindi diventa così

codice:
"SELECT COUNT(giorni.trasferta) AS totale FROM giorni WHERE giorni.giorno BETWEEN '$data1' and '$data2' and giorni.trasferta='1'"
e poi:

codice:
$row9=mysql_fetch_assoc($sql9);
$pdf->Cell(3,1,$row9['totale'],1,0,'C',false);