Se ti vuoi garantire che ad un eventuale crash di sistema o dell'applicazione, la stessa venga poi riavviata cominque, operazioni pianificate / crontab-cronjob sono le uniche possibilità garantite. Come si procede è una domanda che ha molto poco a che vedere con java (più che altro con Windows nel tuo caso).
Ad ogni modo, in attesa che il thread venga mosso a sede più appropriata...

Pannello di controllo -> Sistema e sicurezza -> Pianifica attività.
Da lì, "Crea attività..."

Le varie diciture posso essere leggermente diverse in base al sistema operativo. Queste si riferiscono a Windows 7