L'analisi fatta da Microsoft è generica e riferita a tutte le classi, quindi non tiene conto dei casi particolari dove l'errore a cui si riferisce in realtà non si verifica perché la classe è in grado di gestirlo.

Temo ti venga segnalato perché lo StreamReader si appoggia al FileStream e tenta di fare la Dispose di questo quando viene "distrutto"; l'uso di Using anche sul FileStream, quindi, potrebbe causare una seconda chiamata a Dispose, eventualità che, comunque, non genera alcun errore per queste classi.

Per semplificare ed evitare il warning, potresti evitare l'uso di Using nella creazione dell'istanza di FileStream.

Come opinione personale, penso che l'analisi di Microsoft sia comunque molto spesso eccessivamente rigida: mi è capitato di usarla una volta e riusciva a darmi un warning suggerendomi una correzione, poi una volta corretto ripeteva un'altra segnalazione indicandomi di rimetterlo come prima. In breve, è un'analisi che va "presa con le molle", come si suol dire.