Ciao, per aggiungere una classe puoi fare cosi':

$("#input_file").clone().addClass("nuovo").appendT o("#form");

Il rimuovi non funziona piu'... probabilmente non viene aggiunta la classe(lo puoi vedere dalla sorgente una volta aggiunta)

Per l'effetto hover mi pare strano, controlla bene il codice o gestiscilo con jquery se vuoi.

Per disabled:
http://jquery-howto.blogspot.com/200...ment-with.html