fancyupload è una classe basata su mootools, che devo usare anche io a breve.

Guardando gli esempi, mi pare di capire che il backend php che gestisce gli upload riceve comunque 1 file alla volta e quindi ti conviene elaborarlo così.
Se anche avessi capito male, hai comunque la variabile $_FILES che contiene tutti i dati che ti servono e quindi non dovresti aver problemi sul lato php.


Tieni conto che ti conviene comunque far fare tutte le operazioni sui file direttamente dalla pagina che riceve i dati dal form, altrimenti non se se i file temporanei vengono mantenuti e ve puoi udare la classica verifica is_uploaded_file