Puoi usare un "Windows Hook", per intercettare i messaggi, prima che arrivino alla finestra:

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms632589(v=vs.85).aspx

Ovviamente questo è fattibile solo dopo che la finestra è stata creata. Se devi trovare l'handle della finestra, puoi usare l'API FindWindow.

Sostituirsi direttamente alla DLL di sistema è invece molto più complicato.