io rimango della mia opinione, inserendo i js nel footer si torna al classico problema che avevo già riscontrato tempo fa: se il js è di grandi dimensioni(o viene prelevato da un sito esterno molto lento per esempio) e non è ancora stato caricato completamente, e si tenta di accedere ad essi(tramite una funzione per esempio richiamata dal body che è già stato caricato) il richiamo alla funzione non darà i risultati sperati.
Stesso discorso per il caricamento, il caricamento totale è cmq la somma del caricamento del body + la parte di script, quindi il tempo totale di caricamento non diminuisce... certo vedremo prima tutto cio che sta nel body ma se non ha ancora caricato lo script che ci serve?