Ciao,

qui c'è qualcosa che potrebbe esserti utile.

Molto probabilmente, francybox non rileva il codice creato dopo il caricamento della pagina.

Si potrebbe provare a cambiare il richiamo del div, aggiungendo .live('click...

Codice PHP:
$(document).ready(function() {
   $('.video').live('click', function() {
        $(this).fancybox();
    });
}); 
o provare a modificare la classe francybox come mostrato nel link che ti ho scritto...